Dynamika molekularna

Symulacja rozciągania nanopręta niklowego metodą MD. Parametry symulacji w opisie grafiki.

Dynamika molekularna (MD)numeryczne rozwiązywanie i komputerowa symulacja przestrzeni fazowej dla modelu układu molekuł. Elementarne poprzez całkowanie równań ruchu Newtona lub kompleksowo z uwzględnieniem licznych oddziaływań w celu uzyskania informacji o właściwościach zależnych od czasu. Oddziaływania między elementami układu są opisywane przez pewną funkcję oraz zespół parametrów dla tej funkcji.

Dynamika molekularna znajduje zastosowanie między innymi w biochemii jako narzędzie do poznawania struktury i oddziaływań w białkach, kwasach nukleinowych i innych biomolekułach.

Istnieje szereg pakietów oprogramowania do prowadzenia symulacji dynamiką molekularną, najpopularniejsze to ABINIT (DFT), AMBER (model klasyczny), CHARMM, GROMACS, GROMOS, Materials Explorer oraz NAMD.

Zobacz też

Linki zewnętrzne

Media użyte na tej stronie

Ni nanorod tension simulation MD.png
Autor: Michał Winiarski, Licencja: CC BY-SA 3.0
Symulacja metodą dynamiki molekularnej rozciągania nanopręta niklowego. Prędkość rozciągania: 0,00002 nm/fs. Ilość atomów: 1 519. Symulację przeprowadzono w programie nanoMD na serwerze olimp.mif.pg.gda.pl. Do wizualizacji użyto programu VMD 1.9.