Harmonijka beta
a – widok z góry, b – widok z boku
Harmonijka beta (beta-kartka) – jedna z możliwych struktur drugorzędowych białka (obok m.in. helisy alfa). Ten sposób przestrzennego ułożenia aminokwasów w łańcuchu polipeptydowym przypomina wyglądem kartkę papieru pofałdowaną w harmonijkę. Kształt harmonijki beta stabilizowany jest poprzez wiązania wodorowe występujące pomiędzy sąsiednimi łańcuchami – nićmi beta, będącymi prawie całkowicie rozciągniętymi fragmentami polipeptydowymi, zwykle o długości 5–10 aminokwasów. Występują harmonijki beta: równoległe, antyrównoległe i mieszane. Struktury te (w odróżnieniu od helis alfa zbudowanych z jednej ciągłej sekwencji) składają się z oddzielnych fragmentów łańcucha (nici beta), czasem znacznie od siebie oddalonych w sensie struktury pierwszorzędowej. Jeśli nici beta są położone blisko siebie w łańcuchu aminokwasowym, to miejsce zwrotu nosi nazwę zakrętu beta.
Bibliografia
- Carl Branden & John Tooze, Introduction to Protein Structure. Second Edition, Garland Publishing, 1999.
Media użyte na tej stronie
Autor: Dcrjsr, Licencja: CC BY 3.0
An example of a 4-stranded antiparallel β sheet fragment from a crystal structure of the enzyme catalase (PDB file 1GWE at 0.88 Å resolution). a) Front view, showing the antiparallel hydrogen bonds (dotted) between peptide NH and CO groups on adjacent strands. Arrows indicate chain direction, and electron density contours outline the non-H atoms. O atoms are red balls, N atoms are blue, and H atoms are omitted for simplicity; sidechains are shown only out to the first sidechain C atom (green). b) Edge-on view of the central two β strands in a, showing the righthanded twist and the pleat of Cαs and sidechains that alternately stick out in opposite directions from the sheet.
Description: Cartoon representation of the Beta-meander motif.
Source: Molscript v.2.1.2 generated, rendered by Raster 3-D.
Date: June 2, 2007
Author: Jason Koval & Kevin Cartwright
Permission: Self-Owned