W 2004 roku, cztery lata po zakończeniu kariery, Montanier zdecydował się na podjęcie roli szkoleniowca w US Boulogne, występującym wówczas w Championnat National. Powolne, ale staranne budowanie drużyny zaowocowało szybkim awansem do Ligue 2, a w sezonie 2008/09 – pierwszą w historii klubu promocją do Ligue 1. Wybrany został wówczas najlepszym trenerem drugiego frontu. Po tym sukcesie przystał na kuszącą ofertę Valenciennes FC i w ciągu dwóch następnych sezonów zespół pod jego wodzą zajmował kolejno: 10. i 12. miejsce w Le Championnat.
Od 4 czerwca 2011 r. był szkoleniowcem dwukrotnego mistrza hiszpańskiej Primera División – Realu Sociedad. W sezonie 2011/12 klub uplasował się na 12. miejscu w ligowej tabeli, co było najlepszym osiągnięciem klubu od dziewięciu lat (a więc rewelacyjnego sezonu 2002/03, kiedy Raynald Denoueix zdobył z Erreala wicemistrzostwo kraju). W następnym sezonie prowadzona przez Francuza drużyna dokonała rzeczy niebywałej – uplasowała się na 4. miejscu w ligowej tabeli i dzięki temu zyskała szansę na występy w Lidze Mistrzów. Do Champions League doprowadził ich jednak inny trener, wcześniej asystent Montaniera, Jagoba Arrasate, gdyż ten 21 maja 2013 ogłosił, że nie przedłuży kontraktu z Sociedad i po zakończeniu sezonu przeniósł się do ojczyzny, aby objąć posadę trenera w Stade Rennais[1]. Pracę tę stracił, mimo przyzwoitych wyników, w styczniu 2016 roku.
Football pictogram.svg Pictograms of Olympic sports - Football. This is unofficial sample picture. Images of official Olympic pictograms for 1948 Summer Olympics and all Summer Olympics since 1964 can be found in corresponding Official Reports.
