Protein Data Bank
Protein Data Bank, w skrócie PDB jest to biologiczna baza danych gromadząca dane o strukturze przestrzennej białek i kwasów nukleinowych.
Dane o tych makrocząsteczkach uzyskane m.in. za pomocą rentgenografii strukturalnej i spektroskopii NMR zawierają bibliografię, sekwencje aminokwasowe, informacje o strukturze drugorzędowej oraz, przede wszystkim, współrzędne atomów.
Na dzień 26 października 2020 r. baza PDB zawierała 170 171 następujących struktur[1]:
| Metoda | Białka | Kwasy nukleinowe | Kompleksy białko/kwas nukleinowy | Inne | W sumie |
|---|---|---|---|---|---|
| Rentgenografia strukturalna | 141 144 | 2 158 | 7 188 | 4 | 150 494 |
| Spektroskopia NMR | 11 519 | 1 362 | 265 | 8 | 13 154 |
| Mikroskopia elektronowa | 4 491 | 47 | 1 478 | 0 | 6 016 |
| Metody mieszane | 167 | 6 | 3 | 1 | 177 |
| Inne | 307 | 4 | 6 | 13 | 330 |
| W sumie | 157 628 | 3 3577 | 8 940 | 27 | 170 171 |
Przykłady modeli strukturalnych białek z PDB
Przypisy
- ↑ PDB Current Holdings Breakdown. Research Collaboratory for Structural Bioinformatics. [dostęp 2020-10-26]. [zarchiwizowane z tego adresu (2007-07-04)].
Linki zewnętrzne
Media użyte na tej stronie
Protein structure examples.png
Autor: Axel Griewel, Licencja: CC BY-SA 3.0
Examples of protein structures and complexes of different sizes as available from the PDB an EMDB
Autor: Axel Griewel, Licencja: CC BY-SA 3.0
Examples of protein structures and complexes of different sizes as available from the PDB an EMDB