Szczepy SARS-CoV-2

Szczepy SARS-CoV-2 – szczepy wirusa SARS-CoV-2, wywołującego u człowieka chorobę COVID-19, powstałe w wyniku mutacji jego genomu, którym jest pojedyncza nić kwasu rybonukleinowego (RNA). Światowa Organizacja Zdrowia nadaje kolejnym szczepom tego wirusa nazwy liter alfabetu greckiego.

Niektóre szczepy[1] oraz niesione przez nie miejscowe mutacje są obiektem szczególnej troski z uwagi na potencjalny wzrost wirulencji lub śmiertelności względem starszych szczepów wirusa oraz z powodu możliwego spadku skuteczności przeciwciał oraz szczepionek przeciw COVID-19[2][3]. Na początku 2021 roku identyfikowano szereg mutacji podejrzewanych o wzrost zakaźności wirusa, w tym mutację zmiany sensu D614G (Asp614Gly) w obszarze białka szczytowego (glikoproteiny S, tzw. białka kolca) oraz warianty brytyjski (linia B.1.1.7), południowoafrykański (B.1.351) i pochodzący z Brazylii (P.1)[2][4]. Od czerwca 2021 WHO nazywa kluczowe szczepy – dla uproszczenia komunikacji i unikania stygmatyzacji krajów pochodzenia – literami greckiego alfabetu[5]. Dotychczas nie przyjęto jednorodnego dla całego świata nazewnictwa szczepów.

Szczepy szczególnej uwagi (VOC)

  • Alfa[a] (linia B.1.1.7[b], pierwotnie VOC-20DEC-01[c]) – zidentyfikowany w Wielkiej Brytanii i oznaczony jako VOC (ang. variant of concern) w grudniu 2020 roku[6]. Szybko rozprzestrzenił się w Europie[7]. Zawiera m.in. mutację N501Y i często E484K[8][9].
  • Beta (linia B.1.351, pierwotnie VOC-20DEC-02) – zidentyfikowany w Południowej Afryce i oznaczony jako VOC w grudniu 2020 r. Zawiera m.in. mutacje N501Y i E484K[9].
  • Gamma (linia P.1, także B.1.1.28.1, pierwotnie VOC-21JAN-02) – zidentyfikowany w Brazylii (Manaus) i oznaczony jako VOC w styczniu 2021 r. Wykryty 10 stycznia 2021 w Tokio u pasażerów przylatujących z Brazylii. Zawiera m.in. mutacje N501Y i E484K[9][10].
  • Delta (linia B.1.617.2, pierwotnie VOC-21APR-02) – zidentyfikowany w Indiach i oznaczony jako VOC w maju 2021 roku[11]. Ma ok. 60% większą zdolność transmisji niż wariant Alfa[12]. Zawiera m.in. mutacje L452R, T478K i P681R, ale nie zawiera mutacji E484Q znanej z wariantu podstawowego tej linii[8].
  • Omikron (linia B.1.1.529) – zidentyfikowany w Botswanie i RPA, oznaczony jako VOC w listopadzie 2021 roku[11]. Zawiera niespotykaną dotychczas liczbę 32 mutacji w obrębie białka kolca, m.in. te powiązane z łatwiejszą transmisją[13][14]. Grupa ekspertów WHO (TAG-VE) zakwalifikowała wariant do grupy najwyższego ryzyka, pomimo skromnej wiedzy o jego zakaźności i braku dowodów na cięższy przebieg infekcji[15].

Uwagi

  1. ↑ Nazewnictwo przyjęte przez WHO.
  2. ↑ Terminologia systemu PANGOLIN (Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages).
  3. ↑ Nomenklatura brytyjska (PHE).

Przypisy

  1. ↑ Magda Ważna, Mutacja, odmiana, szczep, wariant koronawirusa. Czy te pojęcia można stosować zamiennie?, medonet.pl, 21 stycznia 2021 [dostęp 2021-03-04] (pol.).
  2. ↑ a b Risk Assessment: Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update, European Centre for Disease Prevention and Control, 21 stycznia 2021 [dostęp 2021-03-04] (ang.).
  3. ↑ SARS-CoV-2 Variants, Centers for Disease Control and Prevention, 31 stycznia 2021 [dostęp 2021-03-04] (ang.).
  4. ↑ Thomas C. Williams, Wendy A. Burgers, SARS-CoV-2 evolution and vaccines: cause for concern?, „The Lancet. Respiratory Medicine”, 9 (4), 2021, s. 333–335, DOI: 10.1016/S2213-2600(21)00075-8, PMID: 33524316, PMCID: PMC8009632 [dostęp 2021-08-09] (ang.).
  5. ↑ WHO announces simple, easy-to-say labels for SARS-CoV-2 Variants of Interest and Concern (ang.). WHO.int, 2021-05-31. [dostęp 2021-08-10].
  6. ↑ Variants of concern or under investigation (ang.). gov.uk, 2021-05-19. [dostęp 2021-06-17].
  7. ↑ Brytyjski wariant koronawirusa szybko rozchodzi się po Europie. Najwięcej przypadków w Wielkiej Brytanii i we Włoszech, medonet.pl, 17 lutego 2021 [dostęp 2021-03-04] (pol.).
  8. ↑ a b SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (ang.). CDC.gov, 2021-06-15. [dostęp 2021-06-17].
  9. ↑ a b c Dr Piotr Rzymski: pod lupą naukowców są trzy mutacje wirusa SARS-CoV-2, pulsmedycyny.pl, 15 lutego 2021 [dostęp 2021-03-04] (pol.).
  10. ↑ Michael Le Page and Matt Hambly, Brazil covid-19 variant (P.1), New Scientist, 1 marca 2021 [dostęp 2021-03-04] (ang.).
  11. ↑ a b Tracking SARS-CoV-2 variants (ang.). WHO.int, 2021-05-31. [dostęp 2021-06-17].
  12. ↑ Brytyjski epidemiolog: indyjski wariant wirusa jest o około 60 procent bardziej zakaźny (pol.). pap.pl, 2021-06-10. [dostęp 2021-06-17].
  13. ↑ Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern (ang.). WHO.int, 2021-11-26. [dostęp 2021-11-27].
  14. ↑ B.1.1.529 Variant (ang.). World of Molecules, 2021-11-25. [dostęp 2021-11-27].
  15. ↑ New B.1.1.529 COVID-19 variant causes no severe diseases - health minister (ang.). TASS, 2021-11-26. [dostęp 2021-11-27].